《杀手寓言》讲述了顶尖杀手寓言的故事。寓言受组织命令来到东京执行任务，同时接到新指令——在一年内伪装成普通人生活。他租住在普通公寓，找了份便利店的工作。在便利店，他结识了店员山岸佳代子和她的弟弟山岸明。山岸明患有心脏病，佳代子为给弟弟治病努力工作。寓言在与他们的相处中，逐渐被他们的亲情和积极生活的态度感染。期间，他也遭遇了各种麻烦，有昔日杀手同行的试探，也有黑帮的无端挑衅，但他都巧妙化解。最终，寓言不仅完成了伪装任务，内心也发生了转变，对生活有了新的感悟。