《虐童疑云》故事发生在上世纪 60 年代的纽约天主教学校。学校里，严厉的校长阿洛西斯修女怀疑新入职的弗林神父对一名黑人男学生有不当行为。阿洛西斯修女性格强硬，坚守传统与规矩，她凭借一些细微迹象和直觉，认定弗林神父虐童。弗林神父则风度翩翩、和蔼可亲，深受学生和部分教职人员喜爱。阿洛西斯修女开始暗中调查，与弗林神父产生激烈冲突。她向教会高层举报，却没有确凿证据。随着事件发展，双方矛盾不断升级，学校内部也因此分裂。影片结局没有明确真相，留给观众无尽思考，探讨了信仰、怀疑、权力与真相的复杂关系。