《鬼娃回魂3》故事发生在一所军事学校里。一群军校学生迎来了新的学期，而邪恶的鬼娃恰奇也混入其中。恰奇附身在一个玩具娃娃上，他的目的是再次占据人类的身体。学生杰森在一次偶然中得到了恰奇娃娃，从此一系列恐怖事件接踵而至。恰奇不断制造混乱和杀戮，先是杀害了学校里的一些人，引起了大家的恐慌。杰森逐渐发现了恰奇的秘密，他和朋友们一起试图阻止恰奇。在激烈的对抗中，他们与恰奇斗智斗勇。最终，杰森等人在学校的一场混战中，利用各种手段与恰奇展开了生死对决，成功将恰奇击败，结束了这场恐怖的危机。