《旺角黑夜》围绕三条线索展开。来自大陆的偷渡客来福，为了筹集女友的手术费，冒险到香港当杀手。他在执行任务时，结识了妓女丹丹，两人渐生情愫。警察辉仔一心想破获旺角的犯罪团伙，他紧盯着来福的雇主鹰哥。鹰哥为了利益不择手段，不断安排来福执行危险任务。来福在一次次杀戮中内心充满挣扎，一方面是对女友的牵挂和对丹丹的感情，另一方面是被犯罪集团裹挟无法脱身。辉仔在追查过程中逐渐接近真相，与来福、鹰哥等人的矛盾也日益尖锐。最终，在一场激烈的冲突中，来福为了正义和自己的救赎，与鹰哥展开了生死对决，而辉仔也在这场混乱中坚守着自己的职责。