《东京少年》围绕着两个少年展开。高冈圣也和藤木一郎是好友，然而圣也却发现自己身体出现了奇异变化，他开始拥有藤木一郎的记忆和情感。原来，他们曾是双胞胎，但在母亲腹中时，圣也将一郎的一半身体吸收，导致一郎以不完整的形态存在。此后，一郎的意识逐渐在圣也体内觉醒。圣也陷入了巨大的困惑与挣扎，他不知该如何面对这一超自然现象，也不知如何处理与一郎的关系。随着一郎意识的愈发强烈，两人的生活也发生了天翻地覆的变化，他们共同经历着内心的煎熬与成长，在这个过程中，他们也逐渐明白了生命与友情的真谛。