《马达加斯加的企鹅》围绕着四只性格各异的企鹅展开，它们分别是领袖Skipper、智囊Kowalski、疯狂科学家Rico以及可爱搞怪的Private。故事中，它们原本生活在纽约中央公园动物园，过着看似平静的生活。然而，一次意外让它们踏上了前往马达加斯加的冒险之旅。在那里，它们遭遇了各种奇特的生物和惊险的状况。之后，它们又卷入了与邪恶章鱼戴夫的斗争中。戴夫因小时候被企鹅们抢尽风头而怀恨在心，企图用高科技武器将全世界的企鹅都变成怪物。企鹅们凭借着智慧、勇气和团队协作，一次次化解危机，最终成功击败戴夫，拯救了所有企鹅，也收获了更加深厚的友谊。