《非常小特务2》中，天才特工小孩卡门和朱尼遭遇新危机。他们的父母格雷格和英格丽德也是特工，一家人本过着相对平静生活，可新反派玩具制造商明先生出现打破了平静。明先生制造出能控制人类心智的玩具，企图统治世界。卡门和朱尼临危受命，再次踏上冒险之旅。在行动中，他们不仅要应对明先生的各种机关陷阱，还要处理与新加入的小特工团队的关系，团队内部产生了竞争与矛盾。不过，卡门和朱尼凭借智慧和勇气，克服重重困难，最终摧毁了明先生的阴谋，拯救了世界，也让家人关系更加紧密。