《X档案：我要相信》故事发生在《X档案》剧集结束后的几年。前FBI探员福克斯·穆德隐居多年，达娜·斯嘉丽则在天主教慈善医院工作。此时，一位FBI探员失踪，案件涉及超自然现象，局里求助于斯嘉丽，希望她能请出穆德一起协助调查。穆德起初有所犹豫，但最终还是和斯嘉丽踏上调查之路。他们要面对神秘的修道院、诡异的梦境以及隐藏在背后的可怕真相。在调查过程中，两人不仅要解开失踪探员的谜团，还要应对来自各方的危险和挑战，同时他们之间深厚的情感也在困境中得到进一步升华。