在《巢穴》中，故事聚焦于一个家庭。一场灾难降临，地球遭受不明生物的侵袭，这些生物在地下活动，人类面临着巨大的生存危机。一家人躲进了地下避难所，本以为这里是安全的港湾。然而，避难所里的物资逐渐匮乏，外面还有未知生物的威胁。父亲为了家人的生存，决定冒险外出寻找物资。但当他离开后，避难所里也出现了一系列诡异的事情，母亲要独自保护孩子，应对各种突发状况。随着时间的推移，他们发现这场危机远比想象中复杂，而他们能否在这危机四伏的环境中生存下去，成为了故事的最大悬念。