《放课后少年花子君》围绕着校园传说中的幽灵少年花子君展开。在这所学校里，流传着厕所里住着幽灵花子君，只要召唤他就能实现愿望的说法。少女八寻宁宁为了实现自己变美的愿望，召唤出了花子君。花子君看似随性搞怪，实则有着不为人知的过去和强大的能力。 八寻宁宁自此被卷入了各种灵异事件中，她和花子君一起面对校园里的各种怪异现象。他们结识了源光等伙伴，共同对抗企图破坏校园平衡的邪恶怪异。在一次次冒险中，八寻宁宁和花子君的感情逐渐加深，同时也揭开了花子君身为幽灵背后的秘密，以及这所学校隐藏的神秘历史。