《对不起青春》以男女分校的文理科学校为背景展开故事。男主角濑户大树是矢岛南高中的不良少年，他因打架被处分，被迫转学到了邻校的女校圣三岛女子高中。在这所女校里，他闹出了不少笑话，也逐渐和女同学们熟悉起来。女主角桐岛望是圣三岛女子高中的学生，性格开朗活泼。两校合并后，学生们面临着诸多观念上的冲突，比如男生们的大大咧咧和女生们的细腻敏感。在文化祭筹备过程中，两校学生从互相排斥到携手合作，共同克服了重重困难。他们在青春的道路上，不断成长，学会理解与包容，收获了珍贵的友情和懵懂的爱情。