《美少女的谎言第三季》延续了前两季的悬疑风格，故事围绕着艾瑞亚、汉娜、艾米丽和斯宾塞四位少女展开。在这一季中，她们依旧被神秘人“A”纠缠，生活被搅得一团糟。“A”不断地发送威胁信息，揭露她们的秘密，让她们时刻处于恐惧之中。与此同时，艾瑞亚与Ezra的感情面临着新的考验，Ezra的过去逐渐浮出水面，给他们的关系带来了巨大的冲击。汉娜努力摆脱过去的阴影，尝试重新找回自信，却在这个过程中遭遇了一系列意外。艾米丽在游泳事业上遇到瓶颈，同时她的感情生活也变得复杂起来。斯宾塞则陷入了家庭纷争和学业压力之中。随着剧情的推进，四位少女逐渐发现了一些关于“A”的新线索，她们决定联合起来，揭开“A”的真面目，结束这场噩梦。