《黄昏的清兵卫》以明治维新时期为背景，主角清兵卫是一名普通的下级武士，在江户的小石川藩任职。他为人木讷，不善言辞，常被同僚当作笑柄。清兵卫独自抚养两个女儿，生活拮据，还要照顾生病的妻子。尽管生活艰难，他却坚守着自己的原则与善良。一次偶然机会，他展现出高超的剑术，引起了上级的注意。藩主命他教导剑术，这使他的生活发生了变化。然而，平静的生活被打破，藩内发生纷争，清兵卫不得不拔剑捍卫正义与尊严。最终，他在战斗中证明了自己，也赢得了他人的尊重。