《.hack根源》围绕网络游戏《The World》展开。主角少年奥路特在游戏中结识了少女蕾娜，蕾娜却突然陷入昏迷，医生称是受《The World》影响所致。奥路特为探寻真相，深入游戏世界。在这个虚拟世界里，他遭遇了各种奇异事件和神秘角色。他与伙伴们一起调查，发现游戏中存在着邪恶势力，他们妄图利用游戏的漏洞达成不可告人的目的。随着调查的深入，奥路特逐渐揭开了隐藏在游戏背后的巨大阴谋，而这阴谋不仅关乎游戏世界，还与现实世界有着千丝万缕的联系。在这个过程中，奥路特不断成长，与伙伴们的情谊也愈发深厚，他们共同为拯救蕾娜和两个世界而努力战斗。