《从零开始的魔法书》故事围绕着少年雷欧和魔法书少女菲展开。雷欧是个失去记忆的少年，在神秘的境遇下与自称“司掌睿智的大司教”的魔法书少女菲相遇。菲带着雷欧踏上旅程，他们的目标是寻找能解开雷欧身世谜团的“乐园”。 旅途中，他们遭遇了各种危险与挑战。有邪恶的魔法师妄图抢夺菲的魔法力量，也有神秘组织对雷欧的身份虎视眈眈。在一次次战斗中，雷欧逐渐学会使用魔法，与菲的羁绊也日益加深。他们结识了不少伙伴，一起对抗敌人，共同成长。而随着旅程推进，雷欧身世的秘密也一点点揭开，背后隐藏着一个巨大的阴谋，关乎着整个魔法世界的命运。