《问题儿童都来自异世界》讲述了拥有超常能力的高中生逆回十六夜、久远飞鸟和春日部耀，因对无趣的现世感到不满，收到来自异世界“箱庭”世界的邀请函后，穿越到了一个由各种神话传说和幻想故事交织的世界。在那里，他们加入了名为“共同体”的组织“恩赐游戏”，通过游戏来获取恩赐，提升自身实力和共同体的地位。逆回十六夜性格叛逆但实力强大，久远飞鸟擅长使用魔法，春日部耀则拥有治愈能力。他们在“箱庭”世界中不断挑战各种强大的对手，解决了诸多危机，如对抗邪恶的魔王、拯救被压迫的种族等。在这个过程中，他们结识了更多伙伴，也逐渐揭开了“箱庭”世界背后的秘密。