《石纪元第三季》延续前作，故事仍发生在人类因神秘现象石化数千年后的世界。千空、大树等科学王国成员继续为复兴人类文明而努力。这一季中，科学王国面临新挑战，他们遭遇了持有先进武器且实力强大的司帝国余党。司虽已倒下，但他的追随者并未放弃，妄图阻止科学王国的发展。千空凭借卓越的科学头脑，带领伙伴们利用有限资源制造出对抗敌人的武器。在战斗过程中，新角色登场，他们有的加入科学王国，带来新的力量和知识；有的则成为对手。千空等人不断突破困境，在一次次危机中推动科学文明前进，向着让全人类复苏的目标又迈进了一步。