《那夜凌晨，我坐上了旺角开往大埔的红VAN》围绕一群陌生人展开。凌晨时分，阿池、肥龙、大辉、淑贤等乘客坐上旺角开往大埔的红色小巴。途中，小巴突然遭遇神秘强光，之后他们发现整个香港空无一人，没有车辆、行人，仿佛世界只剩他们。众人起初以为是恶作剧，随着时间推移，恐慌蔓延。阿池尝试寻找真相，却发现通讯中断，物资也逐渐匮乏。在求生过程中，人性的善恶逐渐显露，有人为了生存不择手段，有人坚守善良。他们在这死寂的城市中不断探索，试图解开谜团，回到正常世界，而等待他们的却是一个又一个惊人的真相。