《命运石之门：境界面上的缺失之环》故事围绕冈部伦太郎等角色展开。冈部是个自称为“疯狂科学家”的大学生，他所在的未来道具研究所经常进行一些奇奇怪怪的发明。在一次实验中，他们意外发现了能够向过去发送短信从而改变未来的现象，也就是“时间跳跃”。 这次，冈部等人遇到了新的危机与谜题。境界面上出现了神秘的缺失之环，这个缺失之环似乎隐藏着巨大的秘密，它的出现打破了现有的时间线平衡。随着调查的深入，冈部和伙伴们不断在不同的时间线中穿梭，他们要解开缺失之环的谜团，同时避免引发更严重的时间悖论。在这个过程中，他们面临着各种艰难抉择，友情、爱情也在时间的考验下愈发珍贵。