小智、皮卡丘与伙伴们来到了机械都市玛机雅娜王国。在这里，他们遇到了被封印着力量的幻之宝可梦波尔凯尼恩。波尔凯尼恩因过去的遭遇而对人类充满戒心，它的身体一旦接触到人类就会释放电流。然而，意外发生，波尔凯尼恩误将小智当作小偷，还被迫与小智建立了奇妙的“触碰就会触电”的连接。 王国中，神秘组织企图利用玛机雅娜的力量达成不可告人的目的。玛机雅娜是拥有自我意识的人工宝可梦，它肩负着守护王国的使命。小智一行人决定帮助波尔凯尼恩和玛机雅娜，共同对抗邪恶组织。在冒险过程中，波尔凯尼恩逐渐放下对人类的成见，与小智等人并肩作战。最终，他们成功阻止了邪恶组织的阴谋，守护了玛机雅娜王国，波尔凯尼恩也找到了内心的平静。