小智、皮卡丘和伙伴们来到了一个被冰雪覆盖的小镇。这里流传着超魔神胡巴的传说，据说胡巴会带来毁灭。一天，小智等人遇到了少年雷吉奇卡斯，他拥有能与神奇宝贝心灵相通的能力。此时，邪恶组织企图利用胡巴的力量达成自己的野心，他们唤醒了沉睡的胡巴。胡巴被邪恶力量控制，开始大肆破坏小镇，释放出强大的能量，让小镇陷入危机。小智和伙伴们决定挺身而出，与雷吉奇卡斯一起对抗胡巴。在战斗中，他们逐渐发现了唤醒胡巴善良本性的方法。最终，他们成功让胡巴恢复理智，解除了小镇的危机，小镇也重新迎来了生机。