在霍格沃茨新学年开始，哈利·波特升入六年级。邓布利多教授找到哈利，带他展开了一段危险的旅程，去探寻伏地魔鲜为人知的过去，试图找出其魂器的线索。在学校里，哈利意外得到一本标有“混血王子所有”的旧魔药课本，凭借课本上的笔记，他在魔药课上表现出色。与此同时，德拉科·马尔福受伏地魔指使，试图在学校完成刺杀邓布利多的任务。随着时间推移，学校里怪事频发，学生们也面临着越来越大的危险。最终，在塔楼之上，马尔福成功让食死徒进入学校，邓布利多被斯内普教授杀害。哈利悲痛万分，也更加坚定了与伏地魔对抗的决心。