大雄在海边钓鱼时意外钓上一艘迷你潜水艇，里面还有一个小人求救。在哆啦A梦的帮助下，小人恢复正常，他叫布罗，来自亚特兰蒂斯。原来，亚特兰蒂斯被鬼岩城的鬼将军占领，布罗是来寻求帮助的。大雄等人决定帮助布罗，乘坐潜水艇前往海底。他们在海底遭遇各种危险，还结识了亚特兰蒂斯公主咪咪。到达鬼岩城后，他们与鬼将军展开激烈战斗。鬼将军法力高强，众人陷入困境。关键时刻，哆啦A梦拿出秘密道具，大家齐心协力打败鬼将军，让亚特兰蒂斯重获自由，随后他们也踏上了回家的旅程。