东京湾新设施“海洋边缘”举办的峰会会场发生超大规模爆炸，现场留下的指纹与公安警察安室透吻合，安室透被当作嫌疑人。在调查过程中，柯南发现案件背后隐藏着更为复杂的阴谋。与此同时，负责此案的检察官是文武双全的橘境子，她似乎在有意推动安室透定罪。柯南为了洗清安室透的嫌疑，开始独自展开调查。随着调查深入，柯南逐渐揭开了一个涉及网络犯罪和国家机密的巨大阴谋，而这一切都与所谓的“零的执行人”有关。最终，柯南凭借自己的智慧和勇气，在安室透的协助下阻止了更大的危机，真相也得以大白。