高中生侦探工藤新一被黑衣组织灌下毒药后身体缩小，化名江户川柯南寄住在毛利侦探事务所。在一次案件调查中，柯南结识了建筑设计师森谷帝二。然而，一系列爆炸案接踵而至，犯人每次作案前都会打电话挑衅警方，还留下与建筑相关的线索。森谷帝二表面上是知名设计师，实际上他有着扭曲的完美主义情结，对自己早期设计的不对称建筑感到不满，于是策划了这些爆炸案。柯南通过细致的推理逐渐接近真相。在最后关头，森谷帝二将小兰困在了一座即将爆炸的大楼里，还设置了复杂的定时炸弹。柯南及时赶到，与小兰一起面对生死考验。在拆弹的关键时刻，小兰需要在红线和蓝线中做出选择，而柯南通过电话鼓励小兰，最终成功化解危机。