在《精灵宝可梦：超梦的逆袭》中，小智与皮卡丘等伙伴踏上旅程。此时，神秘的科学家利用梦幻的基因成功克隆出超梦。超梦拥有强大的力量，却因人类将其当作工具而心生怨恨。它召集众多被人类捕捉训练的宝可梦，在一座孤岛上建立自己的势力，向人类发起挑战。小智等人听闻此事后前往孤岛。在岛上，小智与超梦及其麾下宝可梦展开一系列遭遇。战斗中，皮卡丘等宝可梦为保护小智奋勇作战。最终，超梦在经历与人类和宝可梦的种种冲突后，明白了真正的力量并非用于争斗，放下了对人类的仇恨，与宝可梦们一同离开了孤岛，而小智也带着新的感悟继续他的宝可梦之旅。