《将军在上之芙蓉密案》延续了《将军在上》的故事，聚焦于叶昭与赵玉瑾这对夫妻。故事发生在芙蓉城中，一系列离奇案件接连发生，让整座城市陷入恐慌。叶昭身为将军，凭借她的英勇无畏和卓越的侦查能力，深入案件调查。而赵玉瑾虽看似玩世不恭，实则聪慧过人，在背后为叶昭出谋划策。在调查过程中，他们遭遇重重困难与危险，不仅要面对狡猾的凶手，还要应对各方势力的干扰。随着真相逐渐浮出水面，他们发现这背后隐藏着一个巨大的阴谋，关乎着芙蓉城乃至整个国家的安危。叶昭与赵玉瑾携手共进，最终成功破解谜团，揪出幕后黑手，守护了芙蓉城的和平与安宁。