《心理测量者SS2：第一卫士》的故事发生在西比拉系统统治下的世界。厚生省公安局刑事课一系的常守朱，接到了来自总务省安全保障局的请求。安全保障局的执行官宜野座伸元在执行任务时失踪，常守朱决定前去调查。原来，宜野座伸元被卷入了一场围绕着“第一卫士”的阴谋中。“第一卫士”是一个神秘组织，他们企图破坏西比拉系统。常守朱在调查过程中，遭遇了各种危险和挑战，也逐渐揭开了“第一卫士”背后的真相。她与宜野座伸元等人携手，在充满危机的环境中与敌人展开了激烈交锋，最终成功阻止了阴谋的发生，维护了西比拉系统下社会的暂时稳定。