《裁断分离之罪恶剪刀》的故事围绕着高中生竖岛理一展开。理一的姐姐竖岛紫是“裁断分离症候群”的受害者，被人用剪刀残忍杀害。此后，理一一直渴望为姐姐报仇。在学校里，他结识了充满谜团的少女咎儿，咎儿拥有一把名为“裁断分离之罪恶剪刀”的凶器。 随着剧情发展，理一发现校园中存在着各种与剪刀相关的诡异事件和神秘组织。他和咎儿一边躲避着来自各方的追杀，一边探寻着剪刀的秘密以及姐姐死亡的真相。在这个过程中，他们遭遇了诸多危险和挑战，也结识了一些志同道合的伙伴。他们逐渐揭开了隐藏在剪刀背后的巨大阴谋，而理一也在不断成长，为了正义和真相与邪恶势力展开了激烈的斗争。