《交响诗篇 超进化》延续了原作世界观，故事围绕少年兰顿展开。在这个世界里，存在着神秘的生物“七海神”和能与之对抗的特殊机体“尼尔瓦修”。兰顿驾驶着尼尔瓦修，与伙伴们一起在宇宙中展开冒险。他们遭遇了各种强大的敌人，面临着诸多艰难挑战。在一次关键战斗中，兰顿等人遇到了实力强劲的宇宙海盗，对方企图抢夺尼尔瓦修的核心技术。兰顿凭借着对尼尔瓦修的熟练操控和坚定的信念，带领伙伴们一次次化险为夷。在冒险过程中，兰顿也逐渐揭开了关于自己身世以及尼尔瓦修背后的惊天秘密，他与伙伴们的羁绊也在不断加深，共同为守护和平而战。