《东京残响》以东京为背景，故事围绕着两个神秘的少年“斯芬克斯”展开。他们以恐怖袭击为手段，在东京各处留下“犯罪声明”，引起社会的巨大恐慌。警方全力追查，其中三岛理沙警官负责此案，她在调查过程中逐渐发现这两个少年的行为并非单纯的恐怖活动。原来，少年们曾是政府秘密实验的受害者，他们以这种极端方式向曾经迫害他们的人复仇，同时也想揭露政府不可告人的秘密。随着事件发展，他们与理沙之间产生了微妙的情感和信任关系。最终，少年们完成复仇心愿，在真相即将大白时，选择以自己的方式结束生命，留给世人无尽的思考。