《菜鸟囧探》聚焦于初出茅庐的小警察林晓峰。林晓峰空有满腔热血和对破案的无限憧憬，却因经验不足，在警局里常闹笑话，被同事们戏称为“菜鸟”。一次城中发生了一起离奇的珠宝盗窃案，现场线索寥寥无几。林晓峰主动请缨参与调查，在查案过程中状况百出，不是误打误撞破坏了现场，就是跟错了嫌疑人。但他凭借着一股执着劲儿，不放过任何一个细微线索。在与老刑警张涛的合作中，他逐渐学会了如何分析线索、追踪嫌疑人。最终，两人抽丝剥茧，揪出了隐藏极深的盗窃团伙，成功破获案件，林晓峰也在这个过程中完成了从菜鸟到合格警探的蜕变。