《怪医杜立德3》中，约翰·杜立德医生依旧过着能与动物交流的奇妙生活。他所在的小镇迎来了新的麻烦，动物园里的动物们突然变得情绪暴躁、行为异常，这不仅影响了动物园的正常运营，还让游客们陷入恐慌。杜立德医生临危受命，开始探寻动物们异常的原因。在调查过程中，他结识了一群新的动物朋友，有聪明机灵的小猴子，还有憨厚老实的大象。他们一起踏上寻找真相的旅程，途中遭遇了各种困难和挑战，比如迷路在神秘的丛林，被狡猾的猎人追捕。最终，杜立德医生发现原来是环境变化影响了动物们的生活，他凭借自己的智慧和与动物沟通的能力，解决了问题，让小镇和动物们都恢复了往日的平静。