《秘密图纸1965》围绕一份重要的国防工程秘密图纸展开。某科研单位的工程师陈亮携带图纸乘火车返回，途中图纸被盗。公安部门迅速成立专案组，侦察员石云负责调查此案。石云在调查中发现了诸多可疑线索，比如火车站附近出现的形迹可疑人员。她还结识了老工人李化，李化在案件侦破过程中提供了关键帮助。随着调查深入，他们揪出了潜藏在内部的特务方莉。然而，案件并未就此结束，背后还有更大的阴谋。最终，公安人员凭借智慧和勇气，将特务一网打尽，成功找回了秘密图纸，保卫了国家机密安全。