《宝贝老板》围绕小男孩提姆展开。提姆原本是家里的独子，过着备受宠爱的生活。然而，一个穿着西装、打着领带的小婴儿突然闯入了他的家庭。这个婴儿自称是宝贝老板，来自宝贝公司，肩负着调查兄弟姐妹关系对婴儿销量影响的重任。提姆对这个突然出现且抢走父母关注的小婴儿充满了敌意，两人开始了一系列的斗智斗勇。在相处过程中，提姆逐渐发现宝贝老板背后的惊天秘密：一场由邪恶的宠物公司策划的阴谋，企图让全世界的人都只爱宠物而不爱婴儿。于是，提姆和宝贝老板放下成见，携手合作，共同对抗邪恶势力，最终成功拯救了婴儿市场，也让家庭关系更加和睦。