《阿雅与魔女》故事围绕着小女孩阿雅展开。阿雅自幼失去母亲，父亲为了工作将她送到了魔女玛奇娜的城堡。玛奇娜有着神秘的魔力，城堡里也充满了各种奇异的事物。起初，阿雅对这个陌生又充满魔法的环境充满了恐惧和不安，但随着时间推移，她开始慢慢适应。阿雅在城堡中结识了一些有趣的伙伴，比如会说话的黑猫。在与玛奇娜相处的过程中，阿雅逐渐发现魔女并非想象中那么可怕，玛奇娜也在阿雅身上找到了久违的温暖。阿雅在城堡里经历了一系列奇妙的冒险，她学会了魔法，也收获了勇气和成长，最终与玛奇娜建立起了深厚的情感，在这个特别的地方找到了属于自己的家。