《罗斯威尔第三季》延续前作，围绕外星人与人类的故事展开。莉兹是拥有特殊能力的科学家，麦克斯是隐藏身份的外星人，他们的爱情在本季面临新挑战。外星秘密逐渐暴露，引发人类恐慌与敌意，麦克斯等人的身份岌岌可危。凯尔医生在人类与外星人的矛盾中努力调和，却陷入艰难抉择。伊莎贝尔的超能力不断觉醒，她在探索自我的过程中与他人产生分歧。同时，新的外星势力出现，带来未知威胁，他们企图利用外星人与人类的冲突达成自己的目的。众人在危机中团结一心，共同对抗外敌，在守护罗斯威尔小镇的同时，也努力平衡外星人与人类的关系。