《奇迹，那天如此重要》以少年航一和龙之介兄弟俩的视角展开。父母离异后，航一跟母亲生活在鹿儿岛，龙之介则随父亲去了福冈。兄弟俩听闻新干线“樱”与“瑞穗”交汇时产生的奇迹能实现愿望，于是各自展开行动。航一和朋友们计划前往交汇地点，他们怀揣着不同的心愿，有的想让父母复合，有的想治好奶奶的病。龙之介也在福冈召集伙伴，同样为了实现心中所想而努力。在追寻奇迹的过程中，兄弟俩经历了诸多波折，也在成长中更加理解彼此和家人，最终在新干线交汇的那一刻，他们迎来了属于自己的答案。