《剧场版魔法少女小圆 前篇 起始的故事》围绕着少女鹿目圆展开。平凡的初中生鹿目圆，生活原本平静而普通。一天，神秘生物丘比出现在她面前，向她提出一个诱人的交易——成为魔法少女，就能实现任何愿望。与此同时，小圆结识了同为魔法少女的晓美焰、巴麻美等人。巴麻美优雅强大，她带着小圆和佐仓杏子初步了解魔法少女的战斗。然而，魔法少女的世界并非只有美好。她们要与魔女战斗，在战斗中不断消耗自己的灵魂宝石，一旦灵魂宝石被污染，就会面临可怕的命运。晓美焰似乎知晓许多秘密，她总是阻止小圆签订契约。随着故事推进，小圆逐渐看清魔法少女背后残酷的真相，而她又将做出怎样的抉择，令人揪心。