《迷失海湾第二季》延续第一季的神秘氛围，故事依旧围绕着那座充满诡异事件的海湾小镇展开。小镇居民们继续在各种超自然现象的笼罩下艰难求生。警长麦克在第一季的基础上，更加深入地调查小镇背后隐藏的秘密，他发现事件的背后似乎有一个庞大而神秘的组织在操控一切。少女艾米丽在第二季中能力进一步觉醒，她成为解开谜团的关键人物，但同时也引来了神秘势力的追杀。而新出现的神秘访客，带来了更多关于小镇起源的线索，却也让局势变得更加复杂。随着剧情推进，小镇上不断有新的灵异事件发生，居民们的生活被搅得天翻地覆。各方势力在小镇上展开了激烈的交锋，真相逐渐浮出水面，却又仿佛陷入了更深的迷雾之中。