《尼基塔女郎第一季》围绕着尼基塔展开。尼基塔曾是个问题少女，被招募进一个名为“组织”的秘密特工机构。在组织里，她接受了严格训练，成为一名顶尖杀手。然而，尼基塔发现组织的所作所为充满了黑暗与邪恶，他们暗杀无辜、操纵政治。于是，她选择逃离组织，并开始了与组织的对抗。 在逃亡过程中，尼基塔得到了迈克尔的暗中帮助，迈克尔虽身处组织高层，却也对组织的一些做法不满。同时，组织派出了新人亚历克斯来追捕尼基塔，可亚历克斯在执行任务过程中逐渐发现组织的真相，内心产生动摇。尼基塔一边躲避组织的追杀，一边收集组织的犯罪证据，试图将其彻底摧毁，一场正义与邪恶的较量就此展开。