《黑莲花养成手册》围绕慕子期和慕瑶这对兄妹展开。慕子期本是天之骄子，却因意外毁容，性格变得乖戾。慕瑶虽是庶女，却善良聪慧。起初，慕瑶为在府中生存，小心翼翼。后来，她发现自己身处一本书中，而书中的自己结局悲惨。为改变命运，慕瑶开始谋划，逐渐展露心机。她一边巧妙应对府中的明枪暗箭，一边与慕子期的关系也在悄然变化。慕子期在与慕瑶的相处中，内心的坚冰逐渐融化。两人在权谋争斗、家族纷争中相互扶持，慕瑶从柔弱庶女成长为有勇有谋的黑莲花，与慕子期携手冲破重重困境，最终收获了属于他们的幸福。