《飞天小女警 剧场版》围绕花花、泡泡和毛毛三位小女警展开。小镇村原本平静祥和，可邪恶的莫乔乔乔制造出了克隆小女警卡露拉。卡露拉拥有强大力量，她的出现打破了小镇的宁静。莫乔乔乔妄图利用卡露拉来对付真正的飞天小女警，进而掌控小镇。面对克隆体的挑战，花花、泡泡和毛毛起初陷入困境，但她们没有放弃。在与卡露拉的多次交锋中，小女警们逐渐发现了卡露拉内心的善良。最终，她们成功感化卡露拉，让她站到了正义的一方。大家携手打败莫乔乔乔，小镇再次恢复了往日的安宁。