《圣哥传第二纪》延续了前作的风格，讲述了神之子耶稣和佛祖释迦牟尼在现代东京合租公寓的日常趣事。他们虽拥有超凡神力，却选择以普通人的身份体验生活。在这一纪中，他们依旧面临着各种生活琐事。比如，为了支付房租，耶稣去做兼职，却因对现代工作方式的不熟悉闹了不少笑话；释迦牟尼则热衷于研究现代美食，尝试用各种食材做出独特的料理。他们还与邻居们发生了一系列互动，有温馨的交流，也有搞笑的误会。在这个过程中，展现出了两位宗教领袖在现代社会中的可爱与接地气，以幽默诙谐的方式探讨了信仰、生活和人性等话题。