《变种DNA3》承接前作，故事发生在纽约的下水道中。昆虫学家苏珊制造出的蟑螂人在下水道大量繁殖，对人类构成潜在威胁。桑德是苏珊的助手，他在苏珊离开后继续研究蟑螂人。此次，他发现蟑螂人产生了新变种，这些变种蟑螂人更加聪明且具有更强的攻击性。桑德与警方合作，试图控制局面。在行动中，他们遭遇重重困难，蟑螂人不断设下陷阱，导致队员伤亡。桑德凭借专业知识和智慧，逐渐摸清蟑螂人的弱点。最终，他和队友们在下水道与蟑螂人展开生死决战，成功消灭大部分变种蟑螂人，暂时解除了纽约的危机。