《X档案 第四季》延续了前作的神秘风格，主角依旧是联邦调查局探员穆德和史考莉。穆德坚信超自然现象的存在，执着于寻找外星生命和政府阴谋的真相；史考莉则是理性的代表，以科学的视角审视每一个案件。本季开篇，穆德收到神秘录像带，内容指向外星生物和政府的掩盖行为，这让他更加坚定追查真相的决心。在“家”这一集中，他们调查一个畸形家族，遭遇诸多恐怖事件。而“5 - 2 = ?”里，史考莉被绑架，记忆也被篡改。随着剧情推进，两人逐渐揭开外星殖民计划的冰山一角，政府高层似乎知晓一切并极力隐瞒。他们在追寻真相的道路上不断遭遇危险与挑战，每一个案件都充满悬疑与惊悚，同时也离最终的真相更近一步。