在《魔法少女育成计划》中，魔法少女不再是传统意义上美好、梦幻的形象。故事里，一款名为“魔法少女育成计划”的 APP 选中了众多少女，赋予她们魔法少女的身份和能力。主角美树原本是个普通女孩，成为魔法少女后，生活发生了巨大改变。然而，随着“魔法少女太多会消耗过多能量”这一规则的出现，魔法少女们陷入了残酷的生存游戏。 芙蕾雅为了生存开始不择手段，她杀害其他魔法少女。美树和好友纱夜在这场危机中努力求生，同时也在坚守着自己的善良和正义。她们一边要躲避芙蕾雅的追杀，一边还要应对各种突发状况。在这个过程中，魔法少女们的友情、信念都受到了严峻考验，整个故事充满了反转和意想不到的情节，展现出一个残酷又充满奇幻色彩的魔法少女世界。