《三只眼 圣魔传说》围绕着拥有三只眼的少女佩和高中生八云展开。佩的第三只眼一旦睁开，就会释放出强大且恐怖的魔力，而她的族人曾企图用这股力量征服世界，最终被封印。八云意外唤醒了被封印的佩，从此两人的命运紧密相连。 在故事中，他们遭遇了各种危险和挑战。有觊觎佩力量的邪恶势力不断追杀他们，试图夺取佩的第三只眼以达成自己的野心。八云和佩在逃亡与战斗的过程中，逐渐建立起深厚的感情。八云努力保护佩，帮助她控制体内的力量；佩也在八云的影响下，对人类有了新的认识。他们在一次次的危机中成长，共同对抗邪恶，最终能否守护住彼此，阻止邪恶势力的阴谋，成为故事的一大看点。