《星际迷航：下层舰员 第二季》继续聚焦星舰“塞瑞托斯号”上的下层舰员们。马鲁拉因在第一季结尾的英勇表现获得晋升，成为了一名中尉，但新的职位也带来了新的挑战，她要努力适应管理岗位。博伊姆勒依旧在努力证明自己，他和好友布拉德沃思在一次次任务中不断成长。 这一季中，舰员们遭遇了各种奇特的外星种族和危险的宇宙现象。比如他们遇到了一种能操纵时间的神秘生物，导致“塞瑞托斯号”陷入时间循环，舰员们必须解开谜题才能跳出循环。还有一次，他们发现了一个被遗忘的古老文明遗迹，在探索过程中触发了一系列机关，引发了与该文明守护者的冲突。在解决这些危机的过程中，下层舰员们的友情和团队精神得到了进一步的考验和升华。