《数码宝贝5：拯救者》的故事围绕着少年大门大展开。大门大原本是个平凡的高中生，一次偶然机会，他遇到了数码宝贝亚古兽，并获得了拯救数码世界的力量。在这个过程中，大门大结识了许多伙伴，如托马、野口郁人等，他们各自拥有不同的数码宝贝搭档。 他们所处的世界，数码世界与现实世界的界限逐渐模糊，数码兽开始出现在现实世界，引发了一系列混乱。大门大等人肩负起保护两个世界的重任，不断与邪恶数码兽战斗。在战斗中，他们的数码宝贝不断进化，实力逐渐增强。 随着剧情推进，他们遭遇了各种强大的敌人，也揭开了数码世界背后的阴谋。大门大从最初的冲动少年，逐渐成长为有担当的领袖，带领伙伴们一次次化险为夷，最终成功守护了数码世界和现实世界的和平。